随着此次深穗“水上巴士”开通，机场码头水上客运航线可通达香港、澳门、广州、珠海、中山等大湾区5座城市，日航班量共计60班，包括香港机场航线（每天8班，航程约45分钟）、澳门航线（每天16班，航程约70分钟）、中山航线（每天14班，航程约45分钟）、珠海航线（每天16班，航程约60分钟）和广州航线（每天6班，航程约35分钟）。
