枢纽地上钢结构以“湾区之舞”主题为造型，总建筑面积约22700平方米，总用钢量约10550吨，根据枢纽规划设计，为了满足整个枢纽换乘空间及综合换乘功能需要，此次地上钢结构施工上跨既有地铁3号线大运站，新建东西侧换乘平台及3号线侧式站台、屋盖大雨棚以及交通核换乘中心，融合各种交通换乘设施，从而实现地铁14、16号线及深大城际引入与已运营3号线互联互通、无缝对接，更好地满足乘客便捷、高效、舒适的出行需求。
大运枢纽工程作为涉及已运营地铁既有线施工，上部钢结构在既有3号线不停运的情况下组织实施，大的钢构件施工只能利用夜间列车停运检修的的空隙进行，有效施工时间短、施工难度大、施工安全风险高；同时高空大跨度双扭曲空间屋顶桁架施工工艺复杂，重达144吨屋顶钢桁架确保一次吊装成功，对桁架拼装、整体吊装提出了非常高的要求。