1995年

深港双方正式签署协议，深圳河治理一期工程委托深圳市政府进行。

1997年

深圳河治理一期工程完成后裁弯取直形成一块面积约87公顷的区域，位于深圳河中游。

2007年

12月，深港两地政府成立了“港深边界区发展联合专责小组”，积极推进落马洲河套地区的规划及发展研究工作。

2008年

11月，深港两地政府签署《落马洲河套地区综合研究合作协议书》，将河套地区的研究范围拓展为三个片区，其中河套A区和河套B区在港方境内；深圳河以北的河套C区，在深方境内。

2011年

11月，深港双方签署《推进落马洲河套地区共同开发工作的合作协议书》，同意在“一国两制”大原则下，按“共同开发、共享成果”原则，合作推动河套地区发展。

2017年

1月，深港两地政府签署《关于港深推进落马洲河套地区共同发展的合作备忘录》，明确双方在河套A区共同发展“港深创新及科技园”，同时香港也支持深圳将深圳河北侧毗邻河套地区的约3平方公里区域规划打造成为“深方科创园区”，共同构建“深港科技创新合作区”。

7月1日，在习近平总书记亲自见证下，粤港澳三地政府和国家发改委共同签署《深化粤港澳合作 推进大湾区建设框架协议》，明确提出支持“港深创新及科技园”建设。

9月27日，广东省委、省政府印发《广深科技创新走廊规划》，将“深港科技创新特别合作区”列为广深科技创新走廊重要创新节点。

2018年

8月，深圳粤港澳青年创新创业工场（福田）正式启动。

2019年

2月18日，中共中央、国务院印发《粤港澳大湾区发展规划纲要》，明确提出：“支持落马洲河套港深创新及科技园和毗邻的深方科创园区建设，共同打造科技创新合作区，建立有利于科技产业创新的国际化营商环境，实现创新要素便捷有效流动”。

5月7日，深圳市福田区与香港科技大学举行创新创业项目签约仪式，标志着深港科技创新合作区在深港合作领域开启新征程。

6月18日，河套合作区深圳园区首批项目举行地勘开钻仪式，深圳园区建设实现实质性的突破。

6月28日，皇岗口岸临时旅检场地建设项目作为皇岗口岸重建工程的先行项目正式启动。

8月6日，金砖国家未来网络研究院中国分院成立仪式暨未来网络创新论坛在深圳举行。金砖国家未来网络研究院中国分院正式落户河套合作区。

8月18日，《中共中央国务院关于支持深圳建设中国特色社会主义先行示范区的意见》出台，明确要求“加快深港科技创新合作区建设，探索协同开发模式，创新科技管理机制，促进人员、资金、技术和信息等要素高效便捷流动”。

11月22日，深港科技创新合作区深圳园区项目集中开工仪式，位于深圳园区的深港开放创新中心、深港科创综合服务中心以及周边14个卫星园区和配套项目集中开工。

2020年

6月23日，皇岗口岸重建项目拆除工程启动仪式，皇岗口岸实现“三开”，即临时旅检厅开通、老口岸旅检区开拆、新口岸综合业务楼开工。

7月23日，《深圳市人民政府关于支持深港科技创新合作区深圳园区建设国际开放创新中心的若干意见》（深府[2020]45号）正式印发。

10月14日，习近平总书记出席深圳经济特区建立40周年庆祝大会并发表重要讲话，强调要“规划建设好河套深港科技创新合作区”。

12月23日，国家药品监督管理局、广东省人民政府和深圳市人民政府举行国家药品监督管理局药品审评检查大湾区分中心、医疗器械技术审评检查大湾区分中心落户深圳挂牌仪式。

2021年

1月28日，西门子能源深圳创新中心揭牌仪式暨福田区政府-西门子能源—深圳能源合作框架协议签约仪式举行，又一世界级创新中心落地河套。

2月19日，河套合作区“e站通”综合服务中心举办启动仪式，河套“e站通”正式投入运营。

3月12日，《中华人民共和国国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要 》提出，加强粤港澳产学研协同发展，完善广深港、广珠澳科技创新走廊和深港河套、粤澳横琴科技创新极点“两廊两点”架构体系，推进综合性国家科学中心建设，便利创新要素跨境流动。

4月19日，国家发改委发布《粤港澳大湾区建设、长江三角洲区域一体化发展中央预算内投资专项管理办法》，明确优先支持河套深港科技创新合作区建设。

9月6日，深港高层会晤暨合作会议签约及合作项目启动仪式在深圳举行，《关于推进河套深港科技创新合作区“一区两园”建设的合作安排》签署发布。

2022年

4月，福田区人民政府印发《河套深港科技创新合作区深圳园区选题征集制实施细则》等5个文件，推出选题征集制、团队揭榜制、项目经理制、政企联动制、同行评议制五大创新政策等5项创新机制。

4月，深圳市福田区河套国际商事调解中心正式成立。

7月7日，河套合作区举行庆祝香港回归25周年暨深港河套“招才引智”推介大会，会上发布深港“联合政策包”、“产业政策包”和“港澳青年创新创业支持计划”三大政策，并启动量子科学中心、IDEA中心、香港城市大学物质科学研究院等9个新产业园区和18个科研机构和企业总部项目。

8月26日，河套深港科技创新合作区举办总设计师聘任活动暨深港河套规划论坛。此次聘任面向全球遴选，最终形成了“深圳＋香港”“规划＋建筑”双城视角高端智库。

9月24日，国际性产业与标准组织世界无线局域网应用发展联盟正式落户河套合作区。

11月3日，河套合作区发布6项“揭榜挂帅”科技攻关榜单，单个项目最高可获2000万元资助资金支持。

11月29日，深圳福田区人民政府与香港城市大学正式签署战略合作框架协议，香港城市大学物质科学研究院（福田）正式落地河套合作区。

2023年

1月29日，深圳市高质量发展大会暨2023年全市首批重大项目开工仪式上，粤港澳大湾区(广东)量子科学中心、国际生物医药产业园三期、河套EDA创新中心和河套深港合作成果转化中心启动开工。

2月6日，深港全面恢复“通关”首日，随着第一辆持“香港-福田保税区-深圳”行驶标志的香港号牌车辆驶入福田保税区，标志着福田保税区一号通道正式恢复小车通行。

2月14日，位于河套深港科技创新合作区的舒糖讯息科技（深圳）有限公司收到来自香港的首笔知识产权融资，标志着首个深港跨境知识产权证券化项目完成深港两地资金募集并正式落地。

2月17日，河套合作区首批“全球揭榜”榜单结果公布， 5个项目顺利揭榜。

2月27日，香港财政司副司长黄伟纶率领香港特区政府代表团，与深圳市常务副市长黄敏率领的深圳市政府代表团，在深圳举行首次“对接北部都会区发展策略专班”会议。

2月27日，深圳市人民政府外事办公室公布了首批国际化街区评定结果，河套深港科技创新合作区（福田保税区）获评“国际化示范街区”“ 国际化产业创新特色街区”。

3月8日，深圳市涉外涉港澳商事一站式多元解纷中心在河套深港科技创新合作区正式揭牌，这是继“河套国际商事调解中心”“深圳市福田区矛盾纠纷专业调解分拨中心”后，落户河套的第三个国际化法律服务平台。

4月15日，第二十一届中国国际人才交流大会在深圳会展中心（福田）盛大开幕。河套深港科技创新合作区作为重大平台首次亮相6号馆国际人才服务馆。

4月20日，香港城市大学“高时空分辨率电子显微镜”全球新闻发布会在港城大及港城大深圳福田研究院同步举行。

5月12日，香港科技大学深港协同创新研究院三周年暨成果展圆满举办。活动现场展示了港科大落户河套合作区以来的科创及科研成果。

6月1日，国际星闪无线短距通信联盟获得民政部签发的社会团体法人登记证书，成为第二个注册地设立在深圳市的国际性产业与标准组织，已正式落地河套合作区。

7月12日，国家发展改革委会首次公布了包含阿里巴巴、腾讯、美团等在内的平台企业在支持科技创新、传统产业转型方面的典型投资案例。其中，河套合作区企业未来机器人（深圳）有限公司（以下简称未来机器人）获美团投资支持，成为全国6个案例之一。

8月，国务院印发《河套深港科技创新合作区深圳园区发展规划》，指出要高质量、高标准、高水平推进合作区深圳园区建设，积极主动与香港园区协同发展、优势互补，打造成为世界级的科研枢纽。