在制度创新性方面，新条例主要体现在六个方面：
第一，统一不动产登记依据及不动产登记机构。
海域使用权、海岛使用权、林地使用权及森林林木所有权，均予以规定，从根本上确认了海域、林权等不动产的物权地位。确认具有土地、房屋、林地、海域等各类不动产登记的登记主体资格、法律地位。
第二，细化完善继承、遗嘱、遗赠不动产登记规定。
将法定继承与遗嘱继承分开规定，明确两类继承转移登记的申请材料；增加了“不少于三个月”时间的公告程序；引入第三方审查机构、《民法典》遗嘱管理人制度；探索建立告知承诺制，避免当事人骗取房产后即刻转让。
第三，详细规定居住权登记。明确居住权登记申请材料及办理流程，保障弱者住有所居，也保证抵押权人优先受偿权益。
第四，创新预告登记规定。
取消楼花抵押，将预售商品房抵押权预告登记与预售商品房备案衔接，规定购房人可以单方申请预售商品房抵押权预告登记。
衔接《深圳经济特区城市更新条例》，细化搬迁补偿协议预告登记制度。预告登记有效期内，已签订搬迁补偿协议城市更新项目，避免一房二卖；明确除更新外，土地整备、旧住宅区改造等项目签订的搬迁补偿协议也可以办理预告登记。
第五，信息化助力便民利民。简化申请材料，加强信息共享，细化信息查询，严格限制“以人查房”，压缩登记办理时限，优化营商环境。
第六，体系性解决登记历史遗留问题。城市更新作为深圳破解发展空间不足的主要路径，新立法给予重点关注，配套衔接登记历史遗留专门规定，加快推动城市治理体系和治理能力现代化。